I partigiani e i servizi sovietici dell'NKVD (Commissariato del popolo per gli affari interni) avevano minato una serie di edifici nel centro della città, che fecero esplodere il 24 settembre, provocando centinaia di vittime fra le truppe tedesche e lasciando oltre 50000 civili senza tetto. A quel tempo, nella città risiedevano ancora circa 60000 ebrei, fortunatamente molti erano già fuggiti. Il 28 settembre sui muri della città vennero affissi dei manifesti recanti la seguente convocazione:
«Tutti gli ebrei che vivono a Kiev e nei dintorni sono convocati alle ore 8 di lunedì 29 settembre 1941, all'angolo fra le vie Melnikovskij e Dochturov - vicino al cimitero. Dovranno portare i propri documenti, danaro, valori, vestiti pesanti, biancheria ecc. Tutti gli ebrei non ottemperanti a queste istruzioni e quelli trovati altrove saranno fucilati. Qualsiasi civile che entri negli appartamenti sgomberati per rubare sarà fucilato.».
Costoro, in gran parte anziani, malati, bambini e donne, ovvero tutti coloro che non erano riusciti a fuggire prima dell'arrivo dei nazisti erano convinti che sarebbero stati deportati nei campi di concentramento. Invece, in una riunione fra il comandante militare di Kiev, Generalmajor Eberhardt, l'ufficiale comandante l'Einsatzgruppe, SS-Brigadeführer Otto Rasch, e l'ufficiale comandante il Sonderkommando 4a, SS-Standartenführer Paul Blobel, del 26 settembre era già stato deciso di ucciderli come rappresaglia agli attentati del 24 settembre, ai quali gli ebrei erano peraltro estranei.
Una folla di ebrei di Kiev si radunò presso il cimitero, credendo di essere caricati sui treni, quando udirono il rumore delle mitragliatrici era ormai troppo tardi per fuggire. Anatoly Vasilievich Kuznetsov autore del romanzo di fama internazionale Babyn Yar, così descrive
«Non c'era modo di schivare o sfuggire ai colpi brutali e cruenti che cadevano sulle loro teste, schiene e spalle da destra e sinistra. I soldati continuavano a gridare: "Schnell, schnell!" (In fretta! in fretta!) ridendo allegramente, come se stessero guardando un numero da circo; trovavano anche modi di colpire ancora più forte nei punti più vulnerabili: le costole, lo stomaco e l'inguine.»
questo mentre percorrevano un corridoio composto da due ali di soldati. A gruppi di dieci, gli ebrei furono obbligati a spogliarsi, picchiati se opponevano resistenza e infine uccisi con armi da fuoco sull'orlo di un fossato. Secondo dati ufficiali tedeschi furono 33771 ebrei provenienti da Kiev e dintorni vennero trucidati a Babyn Yar fra il 29 e il 30 settembre 1941. Esecutore del massacro fu l'Einsatzgruppe C, supportato da membri del battaglione Waffen-SS e da unità della polizia ausiliaria ucraina.
Babyn Yar è una fossa nei pressi della città ucraina di Kiev. Fu uno dei tre più grandi massacri della storia dell'Olocausto, superato solo dal massacro della operazione Erntefest in Polonia, nel 1943, con più di 42000 vittime, e dal massacro d'Odessa, con più di 50000 ebrei assassinati nel 1941. In questa gola furono ritrovati almeno 100000 corpi di persone che trovarono la morte nella gola, segno che la di Babyn Yar fu ripetutamente utilizzata.
Fra i massacrati ci furono, oltre agli ebrei di Kiev, anche rom, fra cui molte donne, bambini e anziani, comunisti e prigionieri di guerra russi, tra i quali figuravano i marinai della Flotta del Mar Nero fatti prigionieri durante la conquista di Sebastopoli. All'avvicinarsi dell'Armata Rossa, nell'agosto del 1943 i nazisti cercarono di occultare le prove del massacro. I reparti della Sonderaktion 1005 impiegando 327 prigionieri cercarono di esumare i cadaveri per bruciarne i corpi.
Gli stessi prigionieri incaricati di questo macabro compito, incatenati su entrambe le gambe con una catena lunga 2-4 metri se malati o troppo lenti vennero fucilati sul posto. Il 6 novembre 1943 Kiev fu liberata dall'Armata Rossa. Per molto tempo, dopo la fine della seconda guerra mondiale, la portata dei massacri di Babyn Yar fu misconosciuta, forse addirittura volutamente in un vano tentativo di "rimozione" dalla memoria.
Forse complice fu l'atteggiamento minimalistico del governo sovietico di fronte alla catastrofe ebraica. Atteggiamento minimalista che continuò anche nel 1967 quando a Darmstadt in Germania ebbe luogo il processo contro undici imputati, e poi condannati per i crimini di Babyn Yar, e che la stampa sovietica trattò con sufficienza. Ricordo che il comandante del Sonderkommando 4a, l'unità Einsatzgruppe responsabile del massacro degli ebrei a Babyn Yar, Paul Blobel, nel 1947 fu processato davanti al tribunale militare americano a Norimberga e si dichiarò non colpevole.
La sua difesa argomentò che Blobel aveva semplicemente eseguito gli ordini. Blobel fu dichiarato colpevole e condannato a morte. Fu impiccato nella prigione di Landsberg il giorno 8 giugno 1951. Antonella Salomoni dell'Università della Calabria, pubblicò nel 2007 un saggio "L'Unione Sovietica e la Shoah. Genocidio, resistenza, rimozione" descrive i diversi tentativi di "ignorare" la memoria di Babyn Yar da parte delle autorità sovietiche ed ucraine che non ricordarono gli eccidi nemmeno con una semplice targa commemorativa.
Oggi la tragedia dell'eccidio non è più nascosta a nessuno e comunque già a partire dal 1961, scriveva Evgenij Evtušenko poeta e romanziere russo: «Su Babi Yar stormiscono le erbacce (...) Tutto qui urla il silenzio, e sento la mia testa nuda impallidire lentamente / E sono me stesso / Un immenso grido silenzioso / Sulle migliaia e migliaia di morti sepolti», da Babi Yar-1961.
Nel dicembre 2021 fu prodotto film documentario: Babyn Yar. Kontekst diretto da Serhij Loznycja che ricostruisce il contesto storico in cui ha avuto luogo il massacro di Babyn Yar realizzato grazie a documenti provenienti dall'Archivio di Stato della Federazione Russa, l'Archivio federale tedesco e da altri archivi regionali in Germania.
Oggi a Babyn Yar vi è un monumento a forma di Menorah in ricordo delle vittime ebree che fu eretto il 29 settembre 1991, in occasione del 50° anniversario della fucilazione di massa.